Die FNR wurde 1993 auf Initiative der Bundesregierung gegründet, um Forschungs- und Entwicklungsprojekte zu nachwachsenden Rohstoffen zu fördern. Als Projektträger untersteht sie dem Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) und setzt das Förderprogramm „Nachwachsende Rohstoffe“ des BMEL um. Die FNR betreut außerdem Maßnahmen im Rahmen des Energie- und Klimafonds: Dazu zählt der gemeinsam von BMEL und Bundesumweltministerium (BMU) getragene Waldklimafonds zur Anpassung der Wälder an den Klima- wandel. Projektförderung, Fachinformation und Öffentlichkeitsarbeit zu den Themen Wald und Holz bündelt die FNR im Kompetenz- und Informationszentrum Wald und Holz (KIWUH).